Основными направлениями работы ПсковНИРО в настоящее время являются:
1. Оценка состояния запасов и прогнозирование уловов основных промысловых видов рыб в Чудско-Псковском озере, включающее:
- исследование особенностей биологии основных промысловых видов рыб в связи с изменением абиотических и биотических условий в Чудско-Псковском озере;
- изучение трофических связей в ихтиоценозе Чудско-Псковского озера;
- изучение состояния запасов основных промысловых видов рыб;
- внедрение новых модификаций методов расчета запасов промысловых рыб;
- оценка состояния рыболовства и изменений его структуры и качества в многолетнем аспекте;
- рыбохозяйственный мониторинг трансграничного Чудско-Псковского озера.
2. Иссследование малых озер и рек Псковской области, включающее:
- разработку рекомендаций по рыбохозяйственному использованию малых озер (промышленному рыболовству, с оценкой ОДУ и интенсивности промысла и др.);
- разработку рыбоводно-биологических обоснований строительства рыбоводных хозяйств на территории Псковской области и прилегающих областей.
3. Оценка негативного воздействия на водные биоресурсы и расчет ущерба рыбным запасам в результате воздействия различных видов хозяйственной деятельности, в том числе, работы по оценке воздействия водозаборов на рыбные запасы.